Εκνευρισμένος με τον πρωθυπουργό, Κυριάκο Μητσοτάκη φέρεται να είναι ο Αντώνης Σαμαράς, μετά την τοποθέτηση του Μαργαρίτη Σχοινά ως αντιπροέδρου της Κομισιόν, θέση που επιθυμούσε διακαώς να καταλάβει ο πρώην πρωθυπουργός.
Ο κ. Σαμαράς, σύμφωνα με πληροφορίες, λίγες μέρες μετά την ανάληψη της κυβέρνησης από τη ΝΔ συναντήθηκε με τον πρωθυπουργό, στον οποίο εξέφρασε την επιθυμία να προταθεί για την περίοπτη θέση αντιπροέδρου της Κομισιόν.
Ωστόσο, ο Κυριάκος Μητσοτάκης τον απέτρεψε, αντιτείνοντας ότι δεν θα δοθεί αντιπροεδρία στην Ελλάδα.
Είναι χαρακτηριστικό ότι ο κυβερνητικός εκπρόσωπος Στέλιος Πέτσας επιβεβαιώνοντας στην ουσία τις διαβουλεύσεις σχετικά με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή είχε δηλώσει στις 20 Ιουλίου στον ΣΚΑΪ:
«Από τη στιγμή που δεν ήταν δυνατόν εμείς να εξασφαλίσουμε ένα χαρτοφυλάκιο αντιπροεδρίας στη νέα επιτροπή δεν υπήρχε κανένα ζήτημα ενδιαφέροντος από έναν πρώην πρωθυπουργό. Δεν μπορεί ένας πρώην πρωθυπουργός να είναι απλός επίτροπος σε μία επιτροπή».
Τελικά η Ελλάδα πήρε αντιπροεδρία όχι όμως με τον Αντώνη Σαμαρά, αλλά με τον Μαργαρίτη Σχοινά.
Γεγονός, που διαψεύδει το επιχείρημα του πρωθυπουργού, καθώς αποδείχθηκε ότι το ευρωπαϊκό αξίωμα δεν ήταν «απαγορευμένο» για την χώρα μας, αλλά για τον πρώην πρωθυπουργό.

Η εξέλιξη δυσχεραίνει τις ήδη ψυχρές σχέσεις Μητσοτάκη – Σαμαρά (όπως φάνηκε και από τον τυπικό χαιρετισμό τους στη ΔΕΘ) και δίνει λαβή για νέες εσωκομματικές τριβές.
